寶藏寺又稱聖母祠,為芬園鄉最早建立之寺廟,位於本鄉進芬村彰南路三段一三五巷一00號,廟宇建築面積一百五十坪,奉祀主神為媽祖,與彰化鹿港龍山寺;南投市碧山巖、田中鎮清水巖、花壇鄉虎山巖齊名,俗稱三巖二寺。目前本寺成立有管理委員會組織。
 清朝乾隆年間,本地初闢,疾病迭起,先民奉媽祖
及觀音香火來本地,每當疫癘,信徒問神旨意,媽祖都有所指示,庇佑鄉民。居民乃覺媽祖神力不可思議,乃議雕塑神像、建廟奉祀。因廟宇之後有山拱衛,山上泉水可觀,訪若寶山,本寺得其地理精華,不啻得其藏,且同時供奉有觀音菩薩,有僧人住持,乃取名「寶藏寺」。據民間傳說乾隆年間,嘉慶太子微服出遊台灣,曾遭土匪追殺,而投寺掛單,並親筆御賜「寶山第一」之匾一方,懸於正殿為鎮寺之寶。
 前主任委員余慶豐,以其服務地方多年經驗及人際關係,
一面爭取本寺列為國家古蹟,並配合鄉公所規劃寶藏寺觀光遊憩區,內政部申請修護經費、申請列為古蹟。案經內政部核准,正式列為國家第三級古蹟;並撥經費規劃修護。
 修護後之寶藏寺,將包含玉皇大帝廟在內,且因廟宇空間增加,決定將正殿改奉觀音菩薩為主神,後殿以天上聖母媽祖為主神,後殿二樓供奉玉皇大帝。工程業於民國八十四年四月十日動土開工,民國八十六年正月八日上樑。